Introducción: La infección por Papilomavirus humanos (PVH) es condición necesaria para el desarrollo del cáncer cervicouterino. Conocer los genotipos más frecuentes en cada población posibilita el uso adecuado de los métodos diagnósticos y la aplicación de la vacunación. Objetivo: Determinar la circulación de PVH en grupos de riesgo de la población cubana y su asociación con variables clínico-epidemiológicas. Materiales y Métodos: Se analizaron 519 mujeres sexualmente activas entre 15 y 59 años sin antecedentes previos de alteraciones citológicas y 322 mujeres mayores de 30 años con diagnóstico previo de citología positiva. Se determinó la presencia de PVH y se cuantificó la carga viral de seis genotipos de alto riesgo oncogénico (PVH-AR). Resultados: En todos los grupos estudiados se observó una prevalencia elevada de infección (entre el 63% y el 89%), siendo más frecuente en aquellas mujeres con citología positiva y cáncer cervicouterino (p<0,001). Predominaron los genotipos de PVH-AR (PVH 16, 18, 31, 45, 52 y 58) y los mayores valores de carga viral de PVH-16, 18 y 58 se asociaron con el incremento de la severidad de las lesiones. Los factores de riesgo para adquirir la infección o para desarrollar lesiones precursoras de cáncer cervicouterino fueron: el consumo prolongado de anticonceptivos orales y de cigarros y/o alcohol, también el bajo nivel de escolaridad (p<0,05). Conclusiones: Este es el primer reporte sobre la epidemiología molecular de PVH en población femenina cubana. Los resultados apoyan la vacunación contra PVH y la inclusión de la pesquisa virológica dentro del programa de detección precoz del cáncer cervicouterino.